La biodiversité ordinaire, plus commune, représente ainsi la multitude de formes de vie qui participent au bon fonctionnement des écosystèmes, que ce soit au présent ou à l’avenir avec la capacité des organismes à évoluer ou à s’adapter. Concernant la biodiversité ordinaire des milieux aquatiques, on peut citer par exemple :  

• des poissons : truite Fario (Salmo trutta fario), vandoise rostrée (Leuciscus leuciscus), brochet (Esox lucius), perche commune (Parca fluviatilis), gardon (Rutilus rutilus), brême commune (Abramis brama), goujon (Gobio gobio), vairon (Phoxinus phoxinus) ;
• des amphibiens : grenouille verte (Pelophylax kl. esculentus), triton marbré (Triturus marmoratus), salamandre (Salamandra salamandra) ;
• des oiseaux : héron cendré (Ardea cinerea), cincle plongeur (Cinclus cinclus), bergeronnette des ruisseaux (Motacilla cinerea), bouscarle de Cetti (Cettia cetti) ;
• des odonates : macromie splendide (Macromia splendens), caloptéryx éclatant (Calopteryx splendens) ;
• des herbiers aquatiques : on peut citer notamment deux espèces d’herbiers correspondant à des communautés basales de végétations vivaces d’eaux stagnantes : myriophylle en épis (Myriophyllum spicatum), cératophylle immergé (Ceratophyllum demersum) et une espèce d’eaux courantes d’intérêt communautaire : la renoncule flottante (Ranunculion fluitantis).

 La biodiversité remarquable liée aux milieux aquatiques est caractérisée par la rareté ou la typicité de ses éléments, de sa population ou encore de ses écosystèmes, on peut citer par exemple :

o   le barbeau méridional (Barbus meridionalis) ;

o   le chabot (Cottus sp.) ;

o   la loutre d’Europe (Lutra lutra) ;

o   le castor d’Europe (Castor fiber) ;

o   le guêpier d’Europe (Merops apiaster) ;

o   le Martin-pêcheur (Alcedo atthis) ;

o   la Cordulie splendide (Macromia splendens) ;

o   l’écrevisse à pieds blancs (Austropotamobius pallipes).